NGS Analysis Center
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The NGS Analysis Center (NAC) at the Biology and Pre-Clinical Medicine Faculty offers bioinformatics support for next generation sequencing (NGS) projects. The focus of the NAC is to provide support in planning high-throughput sequencing experiments, computational analysis of the data and bioinformatic pipeline development. We also provide training opportunities on these topics.
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Mission
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The NAC Biology aims to implement best practices in bioinformatics analysis at the faculty, in order to enable excellent research.
Service
- Consultation: The NAC Biology highly encourages consultation before starting the NGS experiments. Please contact us directly for any questions regarding experimental design, reproducibility and statistical analysis. Immediate support to any kind of questions is available through the NAC slack channel. Please send your access request to uwe.schwartz@ur.de and stay tuned. The NAC participates actively in the Bioinformatics Interest Group (BIG ) hosted at the University of Regensburg.
- Bioinformatics analysis: The NAC Biology develops state-of-the-art bioinformatics pipelines for various NGS applications. At the moment we provide established analysis pipelines for:
o??? RNA-seq
o??? small RNA-seq
o??? ATAC-seq
o??? ChIP-seq
o??? MNase-seq
o??? WGBS
Please let us know if you are interested in an application, which is not listed. Additional pipelines are developed on demand.
- Downstream analysis:
o??? Publication-ready visualization of complex data
o??? Integrated analysis combining results of various NGS experiments
o??? Data clustering and correlation analysis
o??? Data deposition at GEO or EGA
- Training: Mentoring of students/researcher, who aspire to conduct bioinformatics analysis in their research projects.
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Contact:
| Uwe Schwartz Mail: uwe.schwartz@ur.de?? Room: PHY 8.0.22 Phone: +49 (941) 943 2867 |  |
| Gernot L?ngst Mail: gernot.laengst@ur.de?? Room: VKL 1.0.13 Phone: +49 (941) 943 2600 |  |
Das NGS Anaylsis Center (NAC) an der Fakult?t für Biologie und Vorklinische Medizin unterstützt die Gestaltung und bioinformatische Auswertung von Next Generation Sequencing (NGS) Projekten. Der Schwerpunkt des NAC ist die Beratung und Planung von NGS Experimenten, die Computergestützte Auswertung? und Entwicklung von bioinformatischen Pipelines. Zus?tzlich werden Schulungen zu diesen Bereichen angeboten.
Zielsetzung
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Das Ziel des NAC ist es, eine professionelle und zeitgem??e bioinformatische Datenauswertungen an der Fakult?t zu etablieren, um exzellente Forschung zu erm?glichen.
Angebot
- Beratung: Das NAC empfiehlt noch vor der Durchführung von NGS Experimenten Kontakt aufzunehmen, um die Versuchsplanung und die statistische Auswertung zu besprechen. Allgemeine bioinformatische Fragen k?nnen schnell und unkompliziert über den NAC Slack-Kanal beantwortet werden. Eine Anmeldung ist über eine Mail-Anfrage an uwe.schwartz@ur.de m?glich. Au?erdem ist das NAC ein aktives Mitglied der Bioinformatics Interest Group (BIG)? der Regensburger Graduiertenschule (RIGeL).
- Bioinformatische Auswertung: Das NAC entwickelt aktuelle und automatisierte Auswertungsverfahren für NGS Anwendungen. Momentan bieten wir folgende etablierte bioinformatische Analysen an:
o??? RNA-seq
o??? small RNA-seq
o??? ATAC-seq
o??? ChIP-seq
o??? MNase-seq
o??? WGBS
Auf Anfrage k?nnen zus?tzliche Auswertungsverfahren entwickelt werden.
- Downstream Analyse:
o??? Abbildungen von komplexen Daten
o??? Integrierte Analyse von verschieden NGS Experimenten
o??? Einbeziehung von ?ffentlich zug?nglichen Daten
o??? Clustering und Korrelationsanalysen
o??? Datentransfer zu GEO oder EGA
- Training: Betreuung von Studenten/Wissenschaftlern, die bioinformatische Analysen erlernen und selbst?ndig durchführen wollen.
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Kontakt:
| Uwe Schwartz Mail: uwe.schwartz@ur.de?? Raum: PHY 8.0.22 Telefon: +49 (941) 943 2867 | |
| Gernot L?ngst Mail: gernot.laengst@ur.de?? Raum: VKL 1.0.13 Telefon: +49 (941) 943 2600 | |
Webmaster - 23.09.2021 09:38 
